Nước thải phát sinh trong ngành chăn nuôi gia súc bao gồm nước từ quy trình tắm rửa, vệ sinh chuồng trại, các loại máng ăn uống của gia súc... Đây là loại nước thải gây ô nhiễm cao nhất vì nó chứa rất nhiều các chất hữu cơ, hàm lượng các chất hữu cơ có trong nước thải chăn nuôi gia súc có thể chiếm đến 70-80%, thường bao gồm các loại Protetin, lipid, hidrocacbon, các dẫn xuất axit amin, cellulose...
Hàm lượng các chất vô cơ chiếm khoảng 20-30% thường bao gồm muối photphat, đất cát, muối nitrat, icon Cl^-, SO₄^2-, PO₄^3-... Ngoài các chất hữu cơ và vô cơ, nước thải này còn bao gồm các vi sinh vật gây bệnh như E.coli, Salmonella sp, Shigenla sp, Clostridium sp, Proteus...và các loại virus, kí sinh trùng gây hại...
Với đặc điểm nguồn nước thải ngành chăn nuôi như thế, nếu không có biện pháp xử lý nước thải thích hợp sẽ gây ảnh hưởng rất lớn đến sức khỏe con người cũng như gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng.

Hiện nay có rất nhiều công nghệ xử lý nước thải ngành chăn nuôi gia súc, các phương pháp xử lý bao gồm xử lý hóa lý, xử lý sinh học, hoặc kết hợp cả hai phương pháp để nâng cao hiệu suất xử lý. Tuy nhiên, với nhiều công trình nghiên cứu đã cho thấy phương pháp xử lý chất thải bằng phương pháp sinh học lên men yến khí là đạt hiệu quả xử lý cao nhất. Công nghệ này cho hiệu suất xử lý đạt 90%. Khí biogas thu được sau khi lên men được thu hồi để ngăn chặn tình trạng ô nhiễm môi trường, ứng dụng gas sinh học. Nước thải sau khi xử lý đạt tiêu chuẩn loại B, không có mùi hôi thối, giảm thiểu tối đa các mầm bệnh gây hại, lượng khí gas thu gom dùng để làm khí đốt hoặc vận hành máy phát điện...