Nước thải từ nhà máy theo mương dẫn được chảy qua song chắn rác để loại bỏ rác thô tránh ảnh hưởng đến quá trình xử lý tiếp theo. Nước sau khi được loại bỏ rác thô được chảy sang bể điều hòa. Tại bể điều hòa nước thải được sục khí nhằm điều hòa lưu lượng và chất lượng, đồng thời tại bể điều hòa nước thải được điều chỉnh pH về trung tính.

Nước thải sau bể điều hòa được chảy sang bể lọc sinh học, tại bể lọc sinh học được cấp khí nhằm cung cấp oxi cho vi sinh vật phát triển. Tại bể lọc sinh học các chất hữu cơ dễ phân hủy bị loại bỏ. Nước thải sau quá trình xử lý sinh học được chảy sang bể keo tụ, tại đây hóa chất keo tụ được bổ sung và khuấy trộn để keo tụ các hạt lơ lửng mà không thể bỏ quá trình lắng, đồng thời khử màu của nước thải.

Nước thải sau quá trình keo tụ được chảy sang bể lắng đứng để loại bỏ cặn lắng.

Nước sạch được thu từ máng của bể lắng đứng rồi được bơm sang bể lọc áp lực nhằm loại bỏ hoàn toàn các chất cặn lơ lửng.

Nước tử bể lọc áp lực được chảy sang bể khử trùng. Bể khử trùng có thể dùng hóa chất hoặc dùng máy ozone để tiêu diệt các vi khuẩn, virus. Nước thải sau quá trình khử trùng đạt QCVN24 - 2009 cột B.