Chất thải nguy hại được thu gom và vận chuyển về trạm xử lý chất thải nguy hại, sau đó được tập trung vào khu vực chờ đốt.

Chất thải được đổ vào phễu nạp để chuyển rác vào buồng đốt, nhiên liệu dùng để đốt là dầu DO. Tại lò đốt sơ cấp, nhiên liệu đốt được cấp vào trong lò và duy trì nhiệt độ đốt từ 450 đến 900 độ C. Buồng đốt thứ cấp có nhiệm vụ đốt khí sinh ra từ buồng đốt sơ cấp. Nhiệt độ buồng đốt thứ cấp được duy trì ở 1200 độ C trong thời gian 2 giây bởi 1 béc đốt luôn được kiểm tra nhờ một bộ đầu dò lắp cố định trong buồng đốt điều khiển sự làm việc của béc đốt nhằm đảm bảo nhiệt độ cháy trong lò ở giá trị mong muốn. Tại đây, các chất ô nhiễm sinh ra từ buồng đốt sơ cấp được xử lý hoàn toàn.

Dòng khí thải và bụi sau khi qua lò đốt thứ cấp, một phần dòng khí sau khi hạ nhiệt độ sẽ được dẫn qua thiết bị hấp thụ, bên trong có lớp đệm vòng sứ. Nhờ quá trình tiếp xúc giữa pha khí và lỏng (dung dịch NaOH), các thành phần khí có tính axit như: HCl, HF, COx, SOx, NOx, bụi… sẽ được loại bỏ khỏi khí thải trước khi xả thải ra môi trường.

Tro được đưa qua cửa tháo tro và xả ra ngoài. Sau đó tro được mang đi chôn lấp an toàn.