Tổ chức Nghiên cứu Phát triển Nông nghiệp Quốc tế của Pháp (CIRAD) và các đối tác đã phải sử dụng tất cả kỹ năng để thiết lập trình tự gien đầu tiên cho cây mía. Hệ gien của thực vật quá phức tạp đến mức các kỹ thuật giải trình tự thông thường đã tỏ ra vô dụng. Điều này có nghĩa rằng cây mía là cây trồng chính cuối cùng được giải trình tự bộ gien.

Nhóm nghiên cứu đã sử dụng một cách tiếp cận tiện lợi dựa trên một khám phá được thực hiện tại CIRAD khoảng 20 năm trước đây, đó là cấu trúc bộ gien của cây mía và lúa miến rất giống nhau. Olivier Garsmeur, một nhà nghiên cứu của CIRAD và là tác giả chính của nghiên cứu, có thể sử dụng bộ gien lúa miến như một khuôn mẫu để chọn các đoạn nhiễm sắc thể của cây mía theo trình tự. Angélique D'Hont, một nhà di truyền học của CIRAD, người điều phối nghiên cứu cho biết: “Nhờ phương pháp mới này, trình tự tham khảo thu được cho một giống mía R570 có chất lượng rất tốt”.

Chuỗi tham chiếu đó là một bước quan trọng hướng tới việc giải trình tự hoàn toàn bộ gien của cây mía và phân tích các biến thể giữa các giống mía khác nhau hiệu quả hơn. Angélique D'Hont đã có cùng một kinh nghiệm với bộ gien chuối vào năm 2012.

Giống như tất cả các loại cây trồng khác trước đó, việc lai tạo mía hiện nay có thể bước vào thời kỳ sinh học phân tử. Cho đến nay, các chương trình nhân giống cây mía đã bị hạn chế trong việc lai tạo, tiếp theo là việc đánh giá trên đồng ruộng rất nặng nề. Các kỹ thuật sàng lọc phân tử hiện có thể được phát triển để bổ sung các thử nghiệm thực địa. Đây là một bước đột phá lớn, vì gần 80% lượng đường trên thế giới được làm từ cây mía. Kiến thức di truyền mới này sẽ được sử dụng để tạo ra các giống mới cho một phạm vi sử dụng rộng hơn.

Hệ gien của cây mía rất phức tạp vì nhiều lý do: số lượng lớn các bản sao của mỗi loại nhiễm sắc thể; số lượng bản sao thay đổi tùy thuộc vào loại nhiễm sắc thể, sự khác biệt về cấu trúc và tái tổ hợp nhiễm sắc thể.