Trong số các phòng thí nghiệm không sử dụng giải trình tự toàn bộ hệ gien (WGS), lý do chính được họ đưa ra là thiếu ngân sách và chuyên môn.

Các phòng thí nghiệm ở hơn một nửa trong số 30 nước châu Âu tham gia vào một cuộc khảo sát đang sử dụng giải trình tự toàn bộ hệ gen (WGS) để kiểm tra an toàn thực phẩm.

Cuộc khảo sát được thực hiện bởi Ủy ban châu Âu và Cơ quan an toàn châu Âu (EFSA) muốn đánh giá sự hiểu biết về công nghệ này ở EU và các nước liên quan.

Họ phát hiện ra rằng vào cuối năm 2016, nó đã được sử dụng trong các phòng thí nghiệm ở 17 quốc gia được điều tra. 40% các phòng thí nghiệm tham chiếu quốc gia (NRLs) cho biết họ đã sử dụng phương pháp này, trong khi chỉ có 7% các phòng thí nghiệm chính thức cho biết tương tự.

WGS, phương pháp cho phép các nhà khoa học xem toàn bộ di truyền tạo thành một sinh vật tại một thời điểm, chủ yếu được sử dụng để điều tra sự bùng phát, tiếp theo là giám sát, và chủ yếu cho phân tích các vi khuẩn L. monocytogenes, E. coli và Salmonella .

Lý do chính để không thực hiện WGS là thiếu năng lực (ngân sách và chuyên môn). Khoảng một nửa số NRLs báo cáo không triển khai vào thời điểm đó đã lên kế hoạch thực hiện điều này trong vòng 2 đến 3 năm.

Đồng thời khi kết quả của cuộc khảo sát được công bố, một dự án gọi là ENGAGE đã công bố báo cáo cuối cùng của mình. Dự án là sự hợp tác giữa tám tổ chức trên khắp châu Âu và nhằm thúc đẩy hợp tác khoa học về phân tích toàn bộ trình tự hệ gien (WGS) trong an toàn thực phẩm và bảo vệ sức khỏe cộng đồng.

Tổng cộng có 3.360 bộ gen, trong đó 778 của E. coli và 2.582 của Salmonella được sản xuất trong dự án. Những bộ gen này đã được lưu trữ và chia sẻ giữa các đối tác trong một kho lưu trữ tạm thời để được gửi đến kho lưu trữ Nucleotide châu Âu vào cuối dự án. Các bộ gien được tạo ra đã được sử dụng cho các bài tập về phương pháp đánh giá so với chuẩn (bench-marking) để đánh giá khả năng thay thế phương pháp thông thường bằng WGS để điều tra dịch bệnh.

Báo cáo kết luận: “Trong giai đoạn dự án, ENGAGE đã chỉ ra rằng có thể thực hiện WGS và sử dụng các công cụ tin sinh học trong các phòng thí nghiệm mà không có kiến ​​thức về WGS và các nước khác có thể được hỗ trợ để thực hiện điều này thông qua quan hệ đối tác.

“Ngoài ra, ENGAGE đã chỉ ra rằng một số phương pháp luận kiểu hình hiện tại, ví dụ như kiểu huyết thanh Salmonella, có thể trong tương lai được thay thế bằng WGS và sử dụng các công cụ tin sinh học.”