Quy trình gồm 8 khâu:

(1).Chuẩn bị giống:

Tập hợp các chủng giống VSV dạng đông khô được hoạt hóa rồi nuôi cấy trên các môi trường riêng rẽ thích hợp khác nhau. Từ khâu 1 đến khâu 3 giống như trường hợp sản xuất dạng bột. Hai chủng mới được thêm vào là Nitrosomonas sp. và Nitrobacter sp. Các chủng này được nuôi trên môi trường nuôi riêng từng chủng 12h trên máy lắc 120^v/ph để được dịch nhân giống cấp I.

(2).Cấy 2% dịch nhân giống cấp I vào bình nhân giống cấp II và tương tự như vậy cấy 5% dịch nhân giống cấp II vào bình 10 lít có sục khí để nhân giống cấp III. Sau mới cấp lại để lấy mẫu để kiểm tra tạp nhiễm.

(3).Tạo hỗn hợp các chủng theo tỉ lệ thích hợp.

(4).Chuẩn bị dịch môi trường có thành phần đơn giản thích hợp cho tất cả các chủng để nhân sinh khối.

(5).Nhân sinh khối theo phương pháp của GS Higa (Nhật Bản), khi sản xuất chế phẩm EM.

(6).Kiểm tra chất lượng sản phẩm bao gồm độ tạp nhiễm, hoạt tính enzyme, mật độ VSV. Nếu đạt mới đi tiếp.

(7).Thêm chất bảo quản.

(8).Đóng can, dán nhãn.