Phương pháp chuẩn bị mẫu này yêu cầu thêm 3 thuốc thử vào một mẫu vi khuẩn chưa xác định được tại một thời điểm xác định để xác định chính xác danh tính của nó bằng MALDI-ToF. Nó phù hợp để được sử dụng với phần mềm thương mại hiện có hoặc với cơ sở dữ liệu và phần mềm độc quyền (Hệ thống nhận dạng mầm bệnh nhanh & tự động -RAPID). Cơ sở dữ liệu RAPID được tạo thành từ 560 phân lập vi khuẩn từ Hoa Kỳ, Nhật Bản và Singapore và việc xác định được thực hiện dựa trên mô hình Bản đồ tự tổ chức của Kohonen.