Kháng sinh là những chất có khả năng tiêu diệt vi khuẩn hay kìm hãm sự phát triển của vi khuẩn một cách đặc hiệu. Mỗi loại kháng sinh chỉ tác dụng lên một số chủng vi khuẩn nhất định.

Các thuốc kháng sinh không tiêu diệt được virut vì cấu tạo của virut hoàn toàn khác biệt với vi khuẩn. Người ta gọi virut là siêu vi khuẩn vì nó không phải là một tế bào hoàn chỉnh mà chỉ là bộ gen (hoặc DNA hoặc RNA) bao quanh là lớp vỏ protein chứa nhiều kháng nguyên, nên bắt buộc phải sống ký sinh bên trong tế bào chủ mà nó xâm nhiễm. Do virut nằm trong vật chất di truyền của tế bào chủ cho nên nếu kháng sinh tiêu diệt virut thì đồng nghĩa với diệt cả tế bào chủ (người hoặc động vật). Hơn nữa, virut còn có khả năng nằm ẩn mình vài năm trong tế bào ở thể không hoạt động và luôn thay đổi hình dạng nên có khả năng kháng lại thuốc rất cao.

Vì vậy, không được dùng thuốc kháng sinh để điều trị các bệnh do virut. Chỉ khi nào thực sự có nhiễm khuẩn hoặc nguy cơ nhiễm khuẩn rất cao (như sau phẫu thuật) mới phải dùng thuốc kháng sinh. Thuốc kháng sinh phải dùng đủ liều lượng và đủ thời gian quy định, nếu không sẽ tạo ra những chủng vi khuẩn kháng thuốc lại càng nguy hiểm hơn.

Đối với virut, để tiêu diệt chúng, người ta sử dụng các thuốc kháng virut là nhóm thuốc khác, chứ không phải là thuốc kháng sinh. Ví dụ như, để trị cúm do virut người ta dùng các thuốc là oseltamivir (tamiflu), zanamivir (relenza), amantadine (symmetrel) và rimantadine (flumadine)...